Les mutants sont parmi nous, n'importe où, même peut-être à coté de vous, dans votre famille, votre cercle d'amis, vos ennemis... mais vous ne les voyez pas tels qu'ils sont réellement. Ils se cachent, par peur de subir d'atroces souffrances ou par peur d'être jugés et rejetés. Tout cela va peut-être changer. Le monde vit encore dans l'ignorance, mais la révélation est proche. Des mutants cherchent à entrer en Guerre avec les humains dans le plus grand des secrets. Ils établissent leurs stratégies afin de dominer le monde et ne plus craindre l'espèce humaine. Cependant, l'un d'eux possède des idées tout à fait différentes. Charles Xavier pense que les mutants et les humains peuvent cohabiter en paix mais sait qu'il faudra du temps avant que ses désirs ne deviennent réalité.

Au début des années 1960, Charles fera la connaissance d'un mutant du nom de Erik Lehnsherr alors que tout deux essayaient d'arrêter les actions d'un dénommé Sebastian Shaw chacun de leur coté. Peu après cette rencontre, Charles pensera qu'il serait bon d'avoir Erik de son coté. Grand télépathe, ce dernier a pu voir dans l'esprit de Erik et essayera de persuader le jeune homme de rester avec lui, car ensemble, ils pourraient parvenir à arrêter Shaw beaucoup plus facilement. En acceptant de faire équipe avec Charles, Erik participe à la recherche des mutants grâce au Cerebro, une machine capable d'améliorer le pouvoir du professeur Xavier, créé par un jeune mutant du nom de Hank McCoy. Erik et Charles partent donc dans plusieurs villes et pays afin de recruter de jeunes mutants et les aider à développer leurs pouvoirs. Bien évidemment, il fallait un endroit capable de tenir les formations secrètes, à l'abri des regards indiscrets des humains malveillants. Charles décidera alors de faire de son manoir un institut pour jeunes mutants après l'attaque de Sebastian Shaw à la CIA. Cette demeure possède assez de pièces pour former les futurs élèves du professeur Xavier.