Depuis plus de dix ans un projet nommé Stargate est mis en place par le gouvernement américain. Il consiste à envoyer des hommes et des femmes, tous volontaires et entraînés vers un nouvel univers. Cet univers à commencé par la Voie Lactée, et maintenant ils ont découverts un nouveau passage vers une galaxie lointaine nommée Pégase. Là-bas ils découvrent la mystérieuse et très recherchée Cité d'Atlantis. Le Docteur Elisabeth Weir et son équipe vont vivre un tas d'aventure tout comme l'équipe du Général Landry.

Les ennemis sont nouveaux et tout aussi puissants, tout comme les nouvelles armes. Les Waiths et les Réplicateurs se font de plus en plus menaçant, tout comme les Oris et les Goa'ulds. Mais voilà après tant d'année la menace est presque éteinte.

Mais voilà alors que la Cité d'Atlantis arrive enfin à retourner dans Pégase après avoir tout refait avec deux nouveaux E2PZ, le Docteur Weir toujours aux commandes de l'expédition compte bien s'en sortir comme elle le peut pour éliminer les Waiths et les Réplicateurs.

Alors qu'ils sont tranquillement entrain de faire les réparations dans la cité et le plein de nourriture et autres, ils découvrent une nouvelle planète : Eronia.

Sur cette planète, un puissant sorcier protégeait les habitants des sélections, mais alors qu'il meurt les Waiths font leurs apparitions, les habitants ne connaissant pas ces êtres horribles forment une rébellion. C'est la famille Socker qui mène la danse. Radem, le père, Ren et Joshua, ses fils, Cara et Tinny, ses filles, et Marah sa femme. Cette famille a perdu énormément dans cette sélection, notamment leur plus jeune fils Tavi, qui n'avait que 13 ans. Alors qu'ils se battent, voilà qu'ils découvrent une porte des étoiles, très grande et verte. Ne sachant pas qu'il y avait une différence, ils l'activèrent et le jeune Joshua, ainsi que sa jumelle Cara, devaient envoyer un message vers la porte d'à côté pour demander de l'aide pour tuer les Waiths. Mais le message arriva plus loin que là où ils pensaient l'envoyer. Ce fut le SGC qui le reçut. Tentant de savoir si le message était vrai, le SGC ouvrit la porte et laissa entrer les jumeaux. Quelle ne fut pas la surprise de tout le monde en apprenant que cette porte verte n'était pas la seule dans la galaxie de Pégase et donc dans la Voie L'actée, et que de ce fait tout le monde pouvaient passer entre les deux galaxies beaucoup plus vite qu'en passant par le pont intergalactique. Mais la menace se fait plus dur car les ennemis des deux galaxies peuvent changer de galaxies et passer chez les autres...De nouveaux dangers attendent nos amis, tout comme de nouvelles rencontres comme celle qui attendent les jumeaux Socker..